9. november 1938 var starten på Nazi-Tysklands jødeforfølgelse og blir kalt krystallnatten.
Krystallnatten fikk navnet etter de tusenvis av glasskår som ble liggende igjen etter nazistenes herjinger. Det knuste glasset ble symbol også for knuste liv, familier splittet- noen på flukt, noen i konsentrasjonsleire, noen døde.
Nettene 9. og 10. november stormet nazister gjennom jødiske strøk, knuste vinduer i jødiske forretninger og hjem, brant synagoger og plyndret. Brannvesenet stoppet ilden fra å spre seg til ikke-jødisk eiendom, men hadde ordre om å la jødenes eiendom brenne. Mange jøder ble myrdet disse to nettene. For første gang ble det gjennomført massearrestasjoner av jøder, mellom 26 000 og 30 000 jødiske menn ble arrestert og sendt til konsentrasjonsleirene Buchenwald, Dachau og Sachsenhausen. De ble slått og mishandlet, og mange døde de første ukene etter ankomst.

Etter voldsutøvelsen krystallnatten ble de tyske og østerrikske jødene ilagt en kollektiv bot på en milliard mark, tilsvarende 4000 mark for hver enkelt jøde. Jødene ble pålagt å betale reparasjonene etter nazistenes herjinger på krystallnatten, og forsikringsoppgjørene for de ødelange hjem og forretninger ble konfiskert til statskassen.

I januar 1940 samlet naziledere seg til en konferanse i Berlin for å planlegge den endelige løsningen på jødeproblemet, nemlig totalutryddelse. Jødene ble samlet sammen og skutt. Ofte måtte de gå ned i graven selv, for å spare bødlene arbeid. 23. september 1941 begynner så nazistene å gasse mennesker i stor skala i utryddelsesleirene Auschwitz og Birkenau.

Hitlers mordfabrikker myrdet ca. 12 millioner fanger, omtrent halvparten av dem jøder. De ble drept på alle tenkelige måter, de fleste ved skudd, sult, sykdom, og giftgass. Andre ble torturert til døde eller døde i medisinske eksperimenter. Utryddelsen ble i hovedsak utført av SS og sikkerhetstjenesten SD. Gestapo var en del av SD.
Den mest kjente leiren er Auschwitz, som både var en arbeidsleir og utryddelsesleir. Rundt
1 300 000 mennesker døde i Auschwitz, ca. en million av dem i gasskamrene.
Det blir anslått at 6 millioner jøder, 500 000 sigøynere, 10 000 homoseksuelle og nesten 6 millioner politiske fanger døde i nazistenes utryddelseskampanje.